Bioinformatique

Présentation

Thème du cours : Bioinformatique, un TP sur l’évolution moléculaire

Intervenant : Dimitri Favre, enseignent

Dates : le mardi 27 janvier 2015 à 17h30

Lieu : Gymnase de la Cité, Lausanne

Public-cible : membres de la CRB

Descriptif du TP

La bioinformatique est une branche de la biologie qui a connu un développement important ces dernières années face à la nécessité de traitement en masse des données biologiques et à leurs potentielles applications pharmaceutiques. Le champ d’expertise des techniques de bioinformatique est vaste et couvre différents thèmes, telles que la biologie des populations, l’analyse de séquences, l’étude structurelle des macromolécules biologiques et la biologie évolutive. Le but de ce travail pratique d’une durée de 90 minutes est d’introduire les élèves au domaine de la bioinformatique en leur faisant utiliser les outils de comparaison de séquences et de reconstruction d’arbre phylogénétique.

Le matériel nécessaire à la réalisation de ce travail se compose d’un ordinateur disposant d’un programme de traitement de texte et d’un accès à Internet. Un protocole au format numérique permet de guider les élèves dans les différentes étapes de la procédure : choix de la protéine à analyser, récupération des séquences peptidiques de diverses espèces de Vertébrés sur la base de données Ensembl, détermination de l’homologie de séquence grâce à l’outil ClustalO et reconstruction d’arbres phylogénétiques à l’aide du programme Phylodendron. Le document contient en outre des questions destinées à solliciter la réflexion des élèves quant à la conservation des séquences entre les différentes espèces, à amener les élèves à confronter les données de l’arbre phylogénétique obtenu à leurs connaissances de l’évolution des Vertébrés et à les faire réfléchir quant aux limites de la technique d’alignement de séquences.